El nombre de esta población es curioso porque en realidad no se encuentra junto al Río Tobía, que discurre un par de kilómetros más al Sur. Parece ser que sus orígenes hay que buscarlos en un gran castro celtíbero enclavado en la meseta sobre el Río Najerilla que se encuentra entre nuestro pueblo y la cercana localidad de Bobadilla. Dos hechos parecen atestiguarlo: la toponimia, que define a este paisaje con el nombre de “El Villar”, y la gran cantidad de vestigios arqueológicos que los agricultores desentierran en esa zona cuando realizan sus trabajos. Posiblemente sea la zona riojana donde más molinos de grano, de tradición celtíbera hayan aparecido. Lamentablemente nunca se ha realizado una excavación arqueológica, que sin lugar a duda aportaría datos para explicar el pasado de este pueblo.
Esta zona de la que venimos hablando se encuentra localizada al Sur del actual núcleo urbano. Al norte, la tradición señala la existencia de otro despoblado. Tiene el nombre de “Bañuelos” y muchos creen que es el primitivo nombre de esta localidad. Pascual Madoz escribía a mediados del siglo XVII, en su famoso diccionario “…a media legua al norte de la villa se halla el despoblado de Bañuelos, de cuya iglesia aún se perciben los cimientos ignorándose la época y causas de su desaparición”. Cerca de este término es indudable la existencia de alfares de tradción romana porque han aparecido restos de “terra-sigillata”, primorosamente decorados.
En los documentos históricos, Baños de Río Tobía aparece citado por primera vez en el Fuero de Nájera del años 1020. El año 1090 una mujer de esta localidad es la protagonista de un milagro atribuido a San Felices. Encontramos la referencia en un texto redactado por un monje de San Millán, de nombre Grimaldo, en el que cuenta el traslado del cuerpo del Santo, desde Vilibio hasta aquel monasterio. Al hablar de los milagros cita uno realizado “el día 30 de noviembre de 1090, en la persona de una ciega llamada Aurea, de Baños, que recobró la vista al tocar el arca que contenía las reliquias de San Felices”.
El archivo Histórico Nacional guarda un documento fechado en Burgos, el año 1137, por el que sabemos que Alfonso VII, el Emperador y su mujer, donaron a la Orden de Cluny y a Santa María de Nájera, “la iglesia de Santa María que tiene en Baños de Suso de su heredad”. Esta propiedad sería el actual Baños de Río Tobía, que en aquella época se denominaría “de Suso”, es decir, de arriba, para distinguirlos del otro Baños, el que se encuentra a orillas del río Ebro.